Kebebasan beragama di Malaysia adalah unik dan perlu difahami berdasarkan kepada sejarah sosio-agama tempatan dan Perlembagaan Persekutuan. Ukuran sebenar terhadap pemahaman atau pengamalan hak kebebasan beragama ialah berdasarkan indeks watan, bukan berdasarkan kepada ukuran antarabangsa seperti hak kebebasan beragama yang difahami dalam Universal Declaration of Human Rights (UDHR 1949). Objektif kajian ini adalah untuk membincangkan dua tema paling penting dalam memahami kebebasan beragama di Malaysia iaitu hak menganut agama dan hak mengamalkan agama. Kajian ini berbentuk kualitatif dan akan mendapatkan data daripada analisis teks terutamanya Perlembagaan Persekutuan Malaysia. Hasil analisis tersebut mendapati bahawa terdapat tiga tema penting dalam hak menganut agama iaitu i) tiap-tiap orang berhak menganuti agamanya, ii) hak untuk tidak menerima atau mengikuti ajaran agama lain dan iii) agama seseorang yang di bawah umur lapan belas tahun hendaklah ditetapkan oleh ibu atau bapa atau penjaga. Manakala terdapat enam tema dalam hak mengamalkan agama iaitu i) tiap-tiap orang berhak mengamalkan agamanya, ii) kebebasan mengamalkan mana-mana agama dengan aman dan damai, iii) larangan diskriminasi kerana agama, iv) tiada seseorang pun boleh dikehendaki untuk mengambil bahagian dalam apa-apa upacara sesuatu agama, selain agamanya sendiri, v) kebebasan tidak bercanggah dengan ketenteraman dan kesihatan awam atau kemoralan dan vi) hak untuk pendidikan kanak-kanak dalam agama. Dapatan tema dalam hak menganut dan mengamalkan agama ini boleh menjadi pertimbangan penting bagi kajian masa hadapan dalam usaha membentuk indeks tempatan tentang kebebasan beragama di Malaysia berdasarkan kepada Perlembagaan Persekutuan. Selain itu, kajian akan datang juga boleh menumpukan kepada pembentukan tema lain dalam memahami kebebasan beragama di Malaysia melalui kaedah yang pelbagai seperti temubual atau perbincangan terfokus bersama pakar.