Di Malaysia, institusi pondok sudah sinonim dengan pengajian kitab-kitab turath. Institusi ini bukan sahaja menjadi kesinambungan sistem halaqah yang dijalankan di awal-awal Islam, bahkan ia menekankan aspek kerohanian, akhlak serta pendidikan sepanjang hayat. Institusi pondok sudah tidak asing lagi dalam kalangan masyarakat Kelantan kerana institusi ini telah bertapak di Kelantan dari awal penyebaran Islam di Tanah Melayu. Kelantan juga antara negeri yang terawal dalam mempelopori pengajian Islam melalui institusi pondok. Namun,kerana factor perkembangan pendidikan semasa dan juga ketiadaan pengganti untuk meneruskan legasi institusi ini, maka sesetengah pondok tidak mampu bertahan lama dan terpaksa ditutup. Hal ini lebih ketara ketika berlakunya penjajahan ke atas Tanah Melayu dan berlanjutan sehingga selepas kemerdekaan. Situasi tersebut memberi kesan dalam banyak aspek terutama dalam pengajian turath yang menjadi tunjang kepada institusi pondok. Dengan kesedaran daripada pelbagai pihak, pengajian turath mula dimartabatkan dan institusi pondok terus dibangunkan dengan fasiliti yang selaras dengan perkembangan semasa. Usaha ini membuka kembali mata masyarakat untuk menerima konsep pengajian turath serta menerima keberadaan institusi pondok dalam kelompok institusi pengajian di Malaysia.