Perkembangan pesat teknologi multimedia telah menyaksikan kebergantungan yang tinggi masyarakat abad ke-21 kepada teknologi. Apatah lagi hidup dalam suasana kawalan pergerakan berikutan pandemik COVID-19, menyebabkan hampir semua urusan dilakukan secara online. Dalam bidang pendidikan tinggi, pengajian online telah diperkenalkan lebih awal lagi dan ianya menepati Pelan Pembangunan Pendidikan Malaysia Pendidikan Tinggi (PPPM PT) 2015-2025. Pengajian online terbukti mempunyai kelebihan terutamanya dari aspek fleksibiliti namun begitu, terdapat isu dari aspek kesediaan pelajar, pengajar dan prasarana. Manakala dalam bidang Pengajian Islam (terutamanya dalam pengajian al-Quran), kaedah tradisi yang perlu dipelihara adalah kaedah talaqqī mushāfahah yang menekankan hubungan guru dengan murid secara bersemuka. Justeru, penulisan ini menganalisis beberapa isu dan cabaran bagi perlaksanaan pengajian online bagi program Pengajian Islam di IPT. Kajian menggunakan kaedah analisis kandungan terhadap kajian lepas tentang isu dan masalah dalam pengajian online dan juga kajian berkenaan dengan kaedah talaqqī mushāfahah yang sering diguna pakai dalam Pengajian Islam khususnya dalam pembelajaran al-Quran. Hasil kajian mendapati, isu dan cabaran yang dalam pengajian online bagi program Pengajian Islam adalah hampir sama dengan pengajian lain iaitu kesediaan pelajar dan pensyarah, stigma bahawa pengajaran hanya dapat dilakukan secara bersemuka, kesediaan prasarana, kesan negatif daripada teknologi serta kepentingan kesinambungan talaqqī. Manakala cadangan penyelesaian yang boleh dipertimbangkan ialah menyediakan infrastruktur dan perkhidmatan yang baik untuk pelajar dan pensyarah, persediaan pensyarah dan institusi serta pembinaan model talaqqī yang baharu sesuai dengan kaedah pembelajaran online. Oleh itu, dapatan kajian ini memberikan maklumat awal untuk menjawab persoalan bagaimana aspek tradisi pengajian Islam seperti talaqqī dapat dipelihara dalam perkembangan pengajian online dan adakah kaedah talaqqī boleh disesuaikan dengan bentuk yang baru dan diinovasi sebagai e-talaqqi.